Большим влиянием в городе пользовалось духовенство-до конца Х в. языческое, а затем христианское. Языческое капище находилось, вероятно, на территории детинца, где в начале XVIII в. были найдены два серебряных идола.
После принятия на Руси христианства одной из первых в 992 г. была образована Черниговская епархия во главе с епископом Неофитом. В 1069-1072 гг. в Чернигове жил известный церковный деятель, основатель Киево-Печерской лавры, уроженец Любеча Антоний Печерский. Он поддерживал Святослава Ярославича в его борьбе за великокняжеский престол. Антоний поселился в пещере на Болдиных горах, где впоследствии возник пещерный монастырь в составе нескольких ярусов галерей, помещений подземных храмов. Всего в начале ХIХ в. в Чернигове действовало 3 монастыря и не менее 7 церквей. Культура Чернигов являлся одним из крупнейших центров развития древнерусской культуры. Надписи на ремесленных изделиях, стенах каменных зданий (т. н. граффити) свидетельствуют о значительном распространении грамотности среди горожан. Одна из таких надписей, принадлежавшая "вотроку Ионе из Чернигова", была обнаружена на стене Софийского собора в Киеве. Высокообразованными для своего времени людьми были некоторые из черниговских бояр и князей. Так, Всеволод Ярославич знал пять иностранных языков Греческим и английским языками владел Владимир Всеволодович Мономах
